 | 校長室 |
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| 副校長 |
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| 高齡健康產業創新推動中心 |
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| 秘書處 |
| | 綜合業務組 議事組 公共關係組 校友中心
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| 教務處 |
| | 註冊一組 課務一組 數位教學中心 綜合組 教學發展中心-創客空間 推廣教育中心 實習組 招生策略中心 教學發展中心 語言學習與寫作中心
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| 學生事務處 |
| | 生活輔導一組 課外活動輔導一組 衛生保健組 住宿服務一組 職涯發展組
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| 總務處 |
| | 文書組 事務一組 出納一組 營繕一組 經營管理㇐組 採購組
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| 研究發展處 |
| | 研究總中心 企劃一組 計畫業務一組 儀器資源中心
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| 國際事務處 |
| | 行政組 國際人才培育組 國際合作組 境外生事務一組 策略規劃發展組
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| 圖書館 |
| | 醫學圖資組 推廣服務組 採訪編目組 機構典藏組 系統資訊組
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| 資訊技術服務中心 |
| | 技術發展組 校務資訊組 網路系統組 諮詢服務組
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| 人事室 |
| | 人事室第一組 人事室第二組
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| 主計室 |
| | 主計室第二組 主計室第三組
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| 校務大數據研究中心 |
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| 體育室 |
| | 活動一組 教學一組
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| 醫學院 |
| | 醫學系 醫學系外科學科 臨床醫學研究所 轉譯醫學博士學位學程 傳統醫藥研究所 公共衛生碩士學位學程 國際衛生碩士學位學程 公共衛生研究所 生物醫學資訊研究所 跨領域醫學博士學位學程 心臟血管疾病研究中心 醫務管理研究所 衛生福利研究所 環境與職業衛生研究所 環境科技博士學位學程(醫學院)(台灣聯合大學系統) 生理學科暨研究所 藥理學研究所 解剖學及細胞生物學研究所 醫學系熱帶醫學科 急重症醫學研究所 腦科學研究所 中醫學系 智慧醫療與政策管理產業博士學位學程 膜蛋白結構生物學研究中心 中藥醣質體研究中心
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| 環境保護暨安全衛生中心 |
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| 健康心理中心 |
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| 軍訓室 |
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| 跨院學程推展辦公室 |
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| 牙醫學院 |
| | 牙醫學系 口腔生物研究所 口腔組織工程暨生技材料研究所
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| 學士班大一大二不分系 |
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| 生命科學院 |
| | 生命科學系暨基因體科學研究所 神經科學研究所 微生物及免疫學研究所 生化暨分子生物研究所 生物醫學資訊研究所 分子醫學博士學位學程 跨領域神經科學國際研究生博士學位學程 生技醫療經營管理碩士在職學位學程 生技醫療產業博士學位學程 跨領域神經科學博士學位學程(台灣聯合大學系統) 跨領域分子醫學碩士學位學程 生命科學研究推動中心(生推中心)
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| 生物醫學暨工程學院 |
| | 醫學生物技術暨檢驗學系 生物醫學影像暨放射科學系 物理治療暨輔助科技學系 生物醫學工程學系 生醫光電研究所 數位醫療學士學位學程 光電博士學位學程 生物醫學暨工程科技產業博士學位學程
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| 護理學院 |
| | 護理學系 臨床護理研究所 社區健康照護研究所 高效智慧照護研究中心 台灣實證卓越中心
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| 藥物科學院 |
| | 藥學系 生物藥學研究所 食品安全及健康風險評估研究所 張平倫癌症暨生物治療研究中心 醫藥品法規科學博士學位學程
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| 人文藝術與社會學院 |
| | 視覺文化研究所 心智哲學研究所 科技與社會研究所 亞際文化研究國際碩士學位學程 知行藝空間
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| 跨專業長期照顧與管理碩士學位學程 |
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| 人體與行為研究倫理治理中心 |
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| 人體研究倫理審查委員會A |
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| 博雅書苑 |
| | 藝文中心 體育教育中心 社群與永續教育中心
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| 研究中心 |
| | 社區醫學研究中心 腫瘤與免疫學研究中心 腦科學研究中心 睡眠研究中心 防疫科學暨健康一體研究中心 醫學工程研發中心 數位醫學暨智慧醫療研究中心 ICF暨輔助科技研究中心 微菌叢研究中心 健康長壽與老化科學研究中心 學校衛生研究中心 再生醫學與細胞治療研究中心 幹細胞研究中心 台灣原住民族健康與科技發展研究中心 口腔醫學研發創新中心 先進治療研發中心
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| 實驗動物中心 |
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| 永續發展暨社會責任推動辦公室 |
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| 工程醫學推動辦公室 |
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| 產學共創處 |
| | 創新創業中心 智權管理及推動中心
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| 創新醫材轉譯研發中心 |
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| 健康創新中心 |
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| 國立陽明交通大學附設醫院 |
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| 活動中心管理員室 |
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| 沈力揚基金會 |
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| 校友總會 |
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| 學生宿舍 |
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| 西安街宿舍 |
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| 學生餐廳BEATA Cafeteria |
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| 布查花園餐廳 |
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| 郵局 |
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| 游泳館 |
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位訪客